Program výzkumných záměrů byl vyhlášen MŠ v roce 1998 a FF UK podala šest návrhů, které byly přijaty. Jejich řešitelé, doc. Beneš, doc. Buriánek, prof. Čermák, prof. Král, doc. Novák a prof. Verner soustředili týmy různé velikosti a začali s řešením úkolů.Finanční prostředky přicházejí na fakultu rozděleny na investiční a neinvestiční přímo z ministerstva, přičemž MŠ rozděluje v rámci různých záměrů peníze na investice a neinvestice v různém poměru. Důvod tohoto přístupu není zřejmý. Interval v rámci investičních prostředků se pohybuje mezi 5,3% a 36,3%.V rámci neinvestičních prostředků pak rozdělují prostředky sami řešitelé, přičemž je vidět také značné rozdíly. Interval ve mzdových prostředcích se tak pohybuje mezi 0%-40,3%, v ostatních neinvestičních prostředcích mezi 36,1% a 76,8%. U mzdových prostředků je třeba zmínit fakt, že jsou ve většině případů čerpány na odměny řešitelům a spoluřešitelům, výjimkou je pak vytvoření nových pracovních míst.V první roce přišly peníze na fakultu se značným zpožděním, jejich čerpání proto představovalo jistý problém, což se odrazilo i ve výsledném vyúčtování. Celkově byl přečerpán objem o půl milionu (cca. 6%), nedočerpáno a tudíž vráceno bylo přes 150 000 (cca. 2%). V roce 2000 byla situace při přečerpání lepší, v oblasti vracení však v objemu výrazně horší a fakulta vracela téměř 350 000 korun (cca. 2,7%)Za první dva roky existence výzkumných záměrů odevzdali řešitelé obsáhlé bibliografie a zprávy o konání různých vědeckých konferencí na národní i mezinárodní úrovni.Závěry:Komise se necítí povolána k hodnocení úrovně prací, které vznikly v rámci vědeckých záměrů a zastává názor, že její garancí jsou řešitelé, ve všech případech významné autority vědecké práce na FF UK.Co se pak týče využívání přidělených prostředků platí výše uvedený závěr s dvěma výhradami:
1) Během obou zkoumaných let se objevil problém „rozpočtové nekázně“ spočívající v potřebě pokrýt přečerpané částky z fakultního rozpočtu, nedočerpané prostředky se vracejí, což fakultu poškozovalo hned dvakrát.
Komise v tomto bodu s potěšením konstatovala, že se řešitelé během dvou let existence „výzkumných záměrů“ poučili a pro rok 2001 rozdělili prostředky mezi jednotlivé účastníky projektů, což umožnilo mnohem lepší přehled po čerpání prostředků a operativnější rozhodování.
2) Komise nezpochybňuje právo řešitelů rozhodovat o přidělených prostředcích, shledává však přesto intervaly v jednotlivých skupinách čerpání značné široké.Komise navrhuje, aby vedení fakulty svolalo řešitele k pracovní poradě sloužící hlavně ke zhodnocení dosavadních výsledků popř. vypracování fakultní strategie v oblasti výzkumných záměrů pro příští léta.V Praze, dne 11. 9. 2001. Za komisi: Opatrný
