- Český egyptologický ústav
- Fonetický ústav
- Jazykové centrum
- Katedra andragogiky a personálního řízení
- Katedra divadelní vědy
- Katedra estetiky
- Katedra filmových studií
- Katedra jihoslovanských a balkanistických studií
- Katedra kulturologie
- Katedra logiky
- Katedra pedagogiky
- Katedra pomocných věd historických a archivního studia
- Katedra psychologie
- Katedra sociální práce
- Katedra sociologie
- Katedra středoevropských studií
- Katedra tělesné výchovy
- Středisko ibero-amerických studií
- Ústav anglofonních literatur a kultur
- Ústav anglického jazyka a didaktiky
- Ústav Blízkého východu a Afriky
- Ústav bohemistických studií
- Ústav české literatury a literární vědy
- Ústav českého jazyka a teorie komunikace
- Ústav Českého národního korpusu
- Ústav českých dějin
- Ústav Dálného východu
- Ústav etnologie
- Ústav filosofie a religionistiky
- Ústav germánských studií
- Ústav hudební vědy
- Ústav hospodářských a sociálních dějin
- Ústav informačních studií a knihovnictví
- Ústav jižní a centrální Asie
- Ústav obecné lingvistiky
- Ústav politologie
- Ústav pro archeologii
- Ústav pro dějiny umění
- Ústav pro klasickou archeologii
- Ústav románských studií
- Ústav řeckých a latinských studií
- Ústav srovnávací jazykovědy
- Ústav světových dějin
- Ústav teoretické a komputační lingvistiky
- Ústav translatologie
- Ústav východoevropských studií
